Multicampeão por onde passou como jogador, Edu Dracena trabalhou no Palmeiras como assessor de futebol e, depois, se transferiu ao Santos para assumir o cargo de diretor de futebol, mas sua passagem pelo Peixe não foi muito feliz e deixou o clube brigado com o presidente do clube da Vila Belmiro, Andrés Rueda.
Em entrevista recente ao portal R7, Edu Dracena falou sobre sua experiência como dirigente do Peixe e deixou sua opinião pessoal em relação ao atual mandatário do Alvinegro Praiano.
“Foi uma experiência boa e ruim ao mesmo tempo (trabalhar de diretor de futebol no Santos), uma lição. Já peguei no futebol vários tipos de pessoas, mas eu acredito não igual ao que peguei no Santos ao longo da minha carreira”, disse o ex-jogador se referindo ao presidente do Peixe.
Edu Dracena assumiu o cargo de diretor de futebol do Santos em outubro de 2021 e ajudou o clube na luta contra o rebaixamento do Brasileirão daquele ano. Na temporada seguinte, após fracassos no Campeonato Paulista e Copa Sul-Americana, ele pediu demissão em julho de 2022.